Ngày 1 tháng 4 năm 2003, Square Enix được thành lập và là kết quả của sự hợp nhất giữa Square Co., Ltd. và Enix Corporation. Tháng 7, 2003, công ty chuyển trụ sở về Yoyogi, Shibuya, Tokyo.

Tháng 1 năm 2005, Square Enix thành lập công ty Square Enix Trung Quốc. Ngày 22 tháng 8, công ty thông báo đã hoàn tất việc mua lại công ty phát triển và phát hành trò chơi điện tử là Taito Corporation.

Ngày 1 tháng 10 năm 2008, Square Enix chuyển đổi thành công ty cổ phần và đổi tên thành Công ty Cổ phần Square Enix.

Ngày 22 tháng 4 năm 2009, công ty hoàn tất việc mua lại Eidos Interactive.